Changes between Initial Version and Version 1 of formato_basico_slurm

Timestamp:

May 2, 2023, 2:44:25 PM (2 years ago)

Author:

tonin

Comment:

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formato_basico_slurm

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+== Formato básico de un fichero slurm ==
+Un fichero slurm no es más que un shell script que mediante una cabecera de líneas de comentario, instruye a slurm sobre las características del trabajo a realizar, y mediante unas líneas de órdenes lanza los procesos en sí.
+
+A los ficheros slurm se le suele poner la extensión {{{.slurm}}}, pero es algo convencional y no obligatorio. De esa manera podríamos tener un fichero slurm que se llamara {{{trabajo-uno.slurm}}}
+
+El caso más sencillo de uso sería algo así:
+
+{{{
+#!/bin/bash
+
+#SBATCH -J hello
+#SBATCH -p normal
+#SBATCH -o hello-%j-%a.out
+#SBATCH --array=1-10                
+
+# Ejecutar un script python con un argumento
+srun python hello-parallel-fast.py $SLURM_ARRAY_TASK_ID
+}}}
+
+La primera línea nos indica que se trata de un fichero a ser interpretado por el bash. Vemos como todas las líneas de comentario siguientes van dirigidas para ser preprocesadas por el comando {{{sbatch}}} que veremos en otro apartado. Son las siguientes:
+- -J le da nombre al trabajo tal como se verá en la cola.
+- -p especifica la partición que se usará para el trabajo, {{{normal}}} o {{{fat}}} en nuestro caso.
+- -o especifica el nombre de los ficheros de salida para cada una de las ejecuciones. Se pueden usar variables como {{{%j}}} que se sustituirá por el nombre del trabajo o {{{%a}}} que se sustituye por la iteración de la ejecución del array.
+- --array especifica el número de iteraciones que se realizarán, de 1 a 10 en este caso, pudiendo usar el valor del array como argumento de nuestro programa.
+
+Al final viene la línea que ejecuta nuestro proceso en sí. Se precede por el comando {{{srun}}} y simplemente ejecuta el programa python {{{hello-parallel-fast.py}}} pasándole como argumento el identificador de la ejecución del array que se trate, que como hemos dicho irá de uno a diez.
+
+'''Al invocar el fichero con {{{sbatch trabajo-uno.slurm}}}, el gestor de colas mandará diez veces el mismo proceso a diez nodos diferentes de la partición normal de nuestro cluster. 
+'''
+
+Si nuestro programa en python necesita muy poca memoria y un solo procesador, es evidente que estamos desperdiciando muchos recursos reservando 10 nodos para este trabajo, que se puede dilatar durante muchas horas o días.  Es por ello que en la parte de "casos de uso" veremos como poder afinar más en la selección de recursos para no acaparar nosotros solos todos los nodos.