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May 16, 2023, 9:54:40 AM (2 years ago)

Author:

tonin

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preparacion_aplicaciones_hpc

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 - '''Uso de aplicaciones científicas en formato fuente o binario''': El uso de aplicaciones en formato fuente o binario no es trivial, ya sea por los requerimientos y dificultad de compilación en sus versiones fuente, o por la dependencia de librerías en su formato binario. No existe una norma ni receta original, pero si Vd. está acostumbrado a trabajar en este escenario no deberá tener mayor problema en compilar o ejecutar dichas aplicaciones desde su carpeta home. Para contar con la ayuda y el asesoramiento del equipo de administración del HPC, pordrá abrir un ticket en este mismo trac pinchando [https://trac.gitlab.uco.es/trac/hpc/newticket aquí] o mediante el botón {{{Nueva incidencia}}}, seleccionando el tipo {{{request}}} y rellenando el formulario de {{{Descripción}}} con la información más completa que pueda. Tras pinchar en el botón {{{Crear incidencia}}} los administradores la evaluarán y contactaran mediante el tciket abierto hasta su resolución.
 
-- '''Uso de aplicaciones en contenedores (dockers)''': Por todo lo dicho de la dificultad de proporcionar un entorno adaptable a todos los usuarios y a todas las aplicaciones, ultimamente está muy de moda el uso de contenedores, que son precisamente eso, ficheros únicos que contienen las aplicaciones, sus librerías e incluso los componentes del sistema operativo para que puedan funcionar independientemente del sistema operativo y entorno configurado en cualquier HPC.[[BR]]
+- '''Uso de aplicaciones en contenedores''': Por todo lo dicho de la dificultad de proporcionar un entorno adaptable a todos los usuarios y a todas las aplicaciones, ultimamente está muy de moda el uso de contenedores, que son precisamente eso, ficheros únicos que contienen las aplicaciones, sus librerías e incluso los componentes del sistema operativo para que puedan funcionar independientemente del sistema operativo y entorno configurado en cualquier HPC.[[BR]]
 
- El uso de {{{dockers}}} requiere de privilegios de administrador, por lo que se ha preparado el sistema HPC con el producto {{{singularity}}} (actualmente llamado {{{apptainer}}}) que permite la ejecución de {{{dockers}}} en entorno de usuario. Es cada vez más frecuente encontrar {{{pipelines}}} de bioinformática distribuidos como contenedores, por lo que le animamos a que investigue si existe la opción para su caso particular. 
+ Una de las implementaciones más populares del paradigma de contenedores es {{{docker}}}, y no será raro que se encuentre aplicaciones o pipelines completos en este formato. Podrá descargarse la imagen del contenedor {{{docker image}}} en su propia carpeta home y ejecutar el contenedor sin necesidad de que los administradores intervengan.
 
- Una vez bajado el contenedor, su ejecución es tan simple como llamar a su contenedor precedido del comando {{{singularity}}}
+ El uso de {{{contenedores}}} requiere de privilegios de administrador, por lo que se ha preparado el sistema HPC con el producto {{{singularity}}} (actualmente llamado {{{apptainer}}}) que permite la ejecución de {{{contenedores}}} en formato {{{docker}}} o en formato {{{OCI}}} en entorno de usuario. Es cada vez más frecuente encontrar {{{pipelines}}} de bioinformática distribuidos como contenedores, por lo que le animamos a que investigue si existe la opción para su caso particular. 
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+ Una vez bajada la imagen del contenedor, su ejecución es tan simple como llamar a su contenedor precedido del comando {{{singularity}}}
 
  El comando {{{singularity}}} está disponible en el login server y en todos los nodos del HPC, en el primero para probar que funciona, en los nodos para ejecutar los procesos del contenedor.