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May 16, 2023, 9:55:21 AM (2 years ago)

Author:

tonin

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preparacion_aplicaciones_hpc

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 - '''Uso de aplicaciones en contenedores''': Por todo lo dicho de la dificultad de proporcionar un entorno adaptable a todos los usuarios y a todas las aplicaciones, ultimamente está muy de moda el uso de contenedores, que son precisamente eso, ficheros únicos que contienen las aplicaciones, sus librerías e incluso los componentes del sistema operativo para que puedan funcionar independientemente del sistema operativo y entorno configurado en cualquier HPC.[[BR]]
 
- Una de las implementaciones más populares del paradigma de contenedores es {{{docker}}}, y no será raro que se encuentre aplicaciones o pipelines completos en este formato. Podrá descargarse la imagen del contenedor {{{docker image}}} en su propia carpeta home y ejecutar el contenedor sin necesidad de que los administradores intervengan.
+ Una de las implementaciones más populares del paradigma de contenedores es {{{docker}}}, y no será raro que se encuentre aplicaciones o pipelines completos en este formato. Podrá descargarse la imagen del contenedor, {{{docker image}}}, en su propia carpeta home y ejecutar el contenedor sin necesidad de que los administradores intervengan.
 
  El uso de {{{contenedores}}} requiere de privilegios de administrador, por lo que se ha preparado el sistema HPC con el producto {{{singularity}}} (actualmente llamado {{{apptainer}}}) que permite la ejecución de {{{contenedores}}} en formato {{{docker}}} o en formato {{{OCI}}} en entorno de usuario. Es cada vez más frecuente encontrar {{{pipelines}}} de bioinformática distribuidos como contenedores, por lo que le animamos a que investigue si existe la opción para su caso particular.