Uso de RStudio en el HPC

Para acceder a RStudio debemos ejecutar el siguiente comando:

rserver-hpc <ubicacion_r>

donde <ubicacion_r> se corresponde con el directorio donde se creará el espacio de trabajo de RStudio. Entre otras cosas, en dicho directorio se guardarán los paquetes que se instalen desde RStudio Server. Importante: Dicho directorio debe ser una ruta completa, no una parcial.

Por ejemplo:

rserver-hpc /home/rbarbudo/workspace-rserver

Una vez lo ejecutemos nos aparecerá un mensaje similar a Submitted batch job <jobid>, donde <jobid> es el ID asignado por Slurm a nuestro proceso. En el mismo directorio donde ejecutásemos el comando anterior se nos habrá creado un fichero llamado slurm-<jobid>.out donde figuran las instrucciones para conectarnos a RStudio Server.

El fichero debería ser similar al siguiente:

Abre tu navegador web en http://login.hpc.uco.es:8003/rstudio/193458

Accede con tu usuario y la siguiente contraseña: ***

Cuando termines de usar RStudio Server, finaliza el trabajo del siguiente modo:

    1. Sal de la sesión de RStudio (botón de "apagado" en la esquina superior derecha de la ventana de RStudio)
    2. Ejecuta el siguiente comando en el nodo de login:

        scancel -f 193458

Algunos apuntes a tener en cuenta:

• Aunque el nombre de usuario sea el que se usa para acceder al HPC, la contraseña es distinta y se genera de forma aleatoria cada vez que lanzamos rserver-hpc
• Es muy importante cerrar la sesión y finalizar el proceso una vez deje de usarse. Los técnicos del HPC podrán finalizar procesos de RStudio Server inactivos sin previo aviso