Uso de RStudio en el HPC

Lo primero que debemos hacer es descargarnos el contenedor con R y RStudio

singularity pull docker://rocker/rstudio:4.5.1

En el momento de redacción de este documento, este contenedor contiene las últimas versiones disponibles y es con la que se ha probado que el procedimiento aquí descrito funciona.

Una vez descargado ejecutamos el siguiente comando:

rserver-hpc <contenedor_rserver> <ubicacion_r>

donde <contenedor_rserver> hace referencia al contenedor (fichero .sif) que nos descargamos al inicio, mientras que <ubicacion_r> se corresponde con el directorio donde se guardarán los paquetes que se instalen desde RStudio Server. Por ejemplo:

rserver-hpc rstudio_4.5.1.sif r_hpc

Una vez lo ejecutemos nos aparecerá un mensaje similar a Submitted batch job <jobid>, donde <jobid> es el ID asignado por Slurm a nuestro proceso. En el mismo directorio donde ejecutásemos el comando anterior se nos habrá creado un fichero llamado slurm-<jobid>.out donde figuran las instrucciones para conectarnos a RStudio Server.

El fichero debería ser similar al siguiente:

Abre tu navegador web en http://login.hpc.uco.es:8003/rstudio/193458

Accede con tu usuario y la siguiente contraseña: ***

Cuando termines de usar RStudio Server, finaliza el trabajo del siguiente modo:

    1. Sal de la sesión de RStudio (botón de "apagado" en la esquina superior derecha de la ventana de RStudio)
    2. Ejecuta el siguiente comando en el nodo de login:

        scancel -f 193458

Algunos apuntes a tener en cuenta:

• Aunque el nombre de usuario sea el que se usa para acceder al HPC, la contraseña es distinta y se genera de forma aleatoria cada vez que lanzamos rserver-hpc
• Es muy importante cerrar la sesión y finalizar el proceso una vez deje de usarse. Los técnicos del HPC podrán finalizar procesos de RStudio Server inactivos sin previo aviso